Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi
نویسندگان
چکیده
Marul ülkemizde birçok bölgede üretimi yapılan önemli bir sebze türüdür. üretiminde sorun oluşturan çok sayıda patojen bulunmakta olup bunlardan biri de mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus, LMV)’dür. Bu virüsün ki varlığı farklı bölge ve illerden bildirilmiştir. Hastalığın tanısı teşhisine yönelik çalışma yapılmış olmasına rağmen ülkemiz LMV izolatlarının tüm genom dizilimlerinin belirlenmesine yoktur. nedenle bu kapsamında orijinli izolatının (LMV-CNK) diziliminim ortaya çıkarılması hedeflenmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda dizilimi çıkarılan izolatın, diğer ülkelerdeki izolatları ile nükleotit seviyesinde, aminoasit seviyesinde sırasıyla %82-98 %92-99 oranında benzerlikler gösterdiği saptanmıştır. Yapılan filogenetik ise LMV-CNK genel olarak Fransız Asya izolatlar yakın ilişkili olduğu görülmüştür. Bildiğimiz kadarıyla ilk kez belirlenmiş biyoinformatik analizleri yürütülmüştür. Bundan sonra yapılacak çalışmalarda daha fazla düzeyinde dizilenmesi analizinin yapılması düşünülmektedir. Ayrıca elde edilen izolatların popülasyon genetik çeşitliliğinin belirlenmesi arasındaki farklılıkların açısından önem taşımaktadır.
منابع مشابه
The eukaryotic translation initiation factor 4E controls lettuce susceptibility to the Potyvirus Lettuce mosaic virus.
The eIF4E and eIF(iso)4E cDNAs from several genotypes of lettuce (Lactuca sativa) that are susceptible, tolerant, or resistant to infection by Lettuce mosaic virus (LMV; genus Potyvirus) were cloned and sequenced. Although Ls-eIF(iso)4E was monomorphic in sequence, three types of Ls-eIF4E differed by point sequence variations, and a short in-frame deletion in one of them. The amino acid variati...
متن کاملCharacteristics of a Lettuce mosaic virus Isolate Infecting Lettuce in Korea
Lettuce mosaic virus (LMV) causes disease of plants in the family Asteraceae, especially lettuce crops. LMV isolates have previously been clustered in three main groups, LMV-Yar, LMV-Greek and LMVRoW. The first two groups, LMV-Yar and LMV-Greek, have similar characteristics such as no seed-borne transmission and non-resistance-breaking. The latter one, LMV-RoW, comprising a large percentage of ...
متن کاملStudy of resistance to cucumber mosaic virus watermelon mosaic virus and zucchini yellow mosaic virus in melon cultivars
متن کامل
Estimation of vector propensity for Lettuce mosaic virus based on viral detection in single aphids
Lettuce mosaic virus (LMV) is transmitted by aphids nonpersistently causing severe disease outbreaks in commercial lettuce crops. New strategies to control plant viruses have arisen based on molecular techniques, which analyze plantvirus-vector interactions. In this work, two PCR-based methods with a previous immunocapture phase, have been developed to detect LMV in single aphids. Detection rat...
متن کاملMolecular characterization of mo1, a recessive gene associated with Lettuce mosaic potyvirus resistance in lettuce
Lettuce mosaic, caused by the potyvirus LMV, is a serious viral disease of lettuce crops world-wide. Beside seed control, one of the leading strategies to control LMV is the use of the recessive resistance genes mo11 and mo12. In an attempt to characterize the functional role of the translation initiation factor eIF4E in lettuce susceptibility to LMV, we cloned Ls-eIF4E cDNAs from a collection ...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Journal of Advanced Research in Natural and Applied Sciences
سال: 2022
ISSN: ['2757-5195']
DOI: https://doi.org/10.28979/jarnas.960829